Desde que se conoce documentado el lugar, ya en el siglo XIV, su trayectoria ha estado unida a la de las poblaciones de alrededor. Desde 1399 a 1615 permaneció asociada, en régimen de dependencia, a Villafranca, la única villa del entorno. En 1615 compró el título de villazgo a la Corona, y ese mismo año se unió a Itsasondo, Arama, Gaintza, Legorreta y Zaldibia, formando la Unión del río Oria. De esta forma costeaban los gastos que suponía enviar un apoderado a las Juntas Generales y Particulares de la Provincia. En 1845 se disolvió esta entidad.
Altzaga tiene un término municipal reducido, y la población cuenta con pocos edificios. La mayoría situados alrededor del templo parroquial. Debido a la falta de recursos solicitó en 1966 incorporarse a Itsasondo, lo que fue aceptado, entrando en vigor la unión al año siguiente. En Enero del presente ha recuperado las facultades municipales, constituyendo el municipio nº 87 del Territorio Histórico de Gipuzkoa.
El conjunto edificado de la población es muy reducido, limitándose en líneas generales a casas de labranza. Estas tienden a agruparse en las inmediaciones de los dos centros religiosos con los que cuenta la comunidad. La Iglesia Parroquialde San Miguel y la ermita de Nuestra Señora de Altzagarate, se conocen documentadas desde el siglo XVI. Hay quien supone, incluso, que la ermita fue el primer centro religioso de la población. En élla se conserva una talla de Andra Mari, de traza románica.
La Iglesia de San Miguel debió ampliarse, al igual que la mayoría de iglesias de Gipuzkoa, en el siglo XVI. Las obras corrieron a cargo de Miguel de Elizpuru, maestro cantero. El edificio es de una sola nave, con atrio alrededor. La portada se abre en arco de medio punto. En el interior destaca el coro sobre arco carpanel, y el retablo, comprado en el siglo XVlll a la Parroquia de Idiazabal. Junto a la Parroquia, en aquella época, sólo debía haber una casa, el resto se encontraban dispersas por las zonas montañosas del término.
Entre las construcciones civiles sobresale el caserío Mendiola, que responde al modelo básico de este tipo de edificios, en los que la madera tiene gran protagonismo, entramados vistos en fachada, cierres de tablazón, etc.
Fuente: 'Guía Histórico Monumental de Gipuzkoa' publicada por la Diputación Foral de Gipuzkoa en el año 1992.